According to the swiki:
Quote:
武器フォーム変更を行った武器をアップグレードした場合、 変更した見た目までは引き継がれない 。
改めて武器フォーム変更を行う必要がある。
Rough translation, "If you upgrade a weapon that has been form changed, the form change will not carry over. You will need to reapply the form change."